O Arquipélago foi descoberto em 10 de agosto de 1503, após o naufrágio de uma das naus da expedição Gonçalo Coelho, conhecida como “2ª Expedição Exploradora”. Coube a Américo Vespúcio, integrante daquela expedição, resgatar os náufragos e abrigá-los em uma ilha próxima, a atual Fernando de Noronha. A aventura foi descrita pelo próprio Vespúcio em carta de 1504. A ilha foi doada ao financiador da expedição, o fidalgo português Fernan de Loronha, tornando-se a primeira Capitania Hereditária do Brasil.

 

Após 1503, Fernando de Noronha permaneceu pouco habitado ou com ocupação estrangeiras esporádicas. Foi abordado por normandos (1505), franceses (1556, 1558 e 1612), alemães (1534), ingleses (1577) e ocupado temporariamente por holandeses (de 1629 a 1654) e franceses (de 1736 a 1737), afora outras investidas de corsários de vários povos que singravam os mares e que paravam em busca de madeira, alimento e água potável.

Somente em 1737 Portugal ocupou efetivamente Fernando de Noronha, através da Capitania de Pernambuco, instalando uma Colônia Correcional, construindo dez (10) fortificações, duas (02) vilas com edificações coloniais, inclusive presídios, a Igreja Nossa Senhora dos Remédios e a Capela de Nossa Senhora da Conceição da Quixaba.

Embora recebesse principalmente presos comuns de Pernambuco, esporadicamente também eram enviados prisioneiros políticos dos grandes conflitos nacionais, como a Revolução Farroupilha, a Confederação de Equador, a Tomada do Forte de Copacabana, o degredo de todos os ciganos, ainda no século XVIII e dos capoeiristas no advento da Proclamação da República.

No começo do século as conquistas aéreas levaram ao Arquipélago todos os grandes aviadores pioneiros. Franceses e italianos viveram na Ilha, trabalhando em operações telegráficas por cabo submarino. Em 1938, o presídio transformou-se em Político, recebendo os revolucionários do Governo Getúlio Vargas, como comunistas e integralistas.

Em 1942, foi criado o Território Federal de Fernando de Noronha (TFFN). Ao mesmo tempo, Noronha foi uma Base militar da II Guerra Mundial e abrigou uma base americana de cooperação tática até 1945, período em que se implantou outro sistema defensivo, constituído de baterias e postos de observação. Nesta época, a população total da ilha era cerca de 5.000 habitantes. Estes moradores tinham como fonte de alimento a agropecuária e a pesca desenvolvida no Arquipélago. A pesca era praticada basicamente dos penhascos, das lajes costeiras e das praias.

O Território Federal de Fernando de Noronha durou até 1988, quando o Arquipélago foi reanexado pela Constituição Federal ao Estado de Pernambuco, na categoria de Distrito Estadual e só aí cessou a transitoriedade de sua ocupação. Essa reanexação contrariou a vontade da população noronhense, que, sob o comando do Governador Fernando César Mesquita, mobilizou-se para que Fernando de Noronha continuasse pertencendo à União.

A principal ocupação econômica da população local até 1989 era o funcionalismo público, mas, a partir daquele ano, o turismo foi crescendo de importância na economia da Ilha e os ilhéus começaram a se profissionalizar no atendimento aos turistas. Em 1990, a população residente era de cerca de 1.500 pessoas, havia 120 leitos para hospedagem, 2 taxis, 2 micro-ônibus e 2 barcos para passeios turísticos. O ano mais antigo do qual o Controle Migratório do Distrito Estadual de Fernando de Noronha tem dados completos é 1992, quando o Arquipélago foi visitado por um total de 10.094 turistas.

Em 2020, 95% dos mais de 6.000 moradores têm o turismo como principal fonte de renda. São mais de 2.000 leitos para hospedagem, 100 carros para transporte de turistas, 15 micro-ônibus e 60 barcos para passeios turísticos. Em 2019, o Arquipélago recebeu cerca de 110.000 visitantes.