O ICMBio Noronha é a estrutura organizacional que compreende a gestão das unidades de conservação federais do arquipélago de Fernando de Noronha, o Parque Nacional Marinho de Fernando de Noronha e a Área de Proteção Ambiental de Fernando de Noronha – Rocas – São Pedro e São Paulo. Foi criado com o objetivo de aumentar a eficácia e efetividade na conservação da biodiversidade e na realização dos objetivos de criação das unidades de conservação do ICMBio Noronha.

O Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC) define Área de Proteção Ambiental como uma área em geral extensa, com um certo grau de ocupação humana, dotada de atributos abióticos, bióticos, estéticos ou culturais especialmente importantes para a qualidade de vida e o bem-estar das populações humanas, e tem como objetivos básicos proteger a diversidade biológica, disciplinar o processo de ocupação e assegurar a sustentabilidade do uso dos recursos naturais.

A Área de Proteção Ambiental de Fernando de Noronha – Rocas - São Pedro e São Paulo (APA-FN) foi criada pelo Decreto no 92.755, de 5 de junho de 1986, com os seguintes objetivos principais:

I - proteger e conservar a qualidade ambiental e as condições de vida da fauna e da flora;

II - compatibilizar o turismo organizado com a preservação dos recursos naturais;

III - conciliar, no Território Federal de Fernando de Noronha, a ocupação humana com a proteção ao meio ambiente.

O decreto de criação da APA-FN incluiu toda a área do Arquipélago de Fernando de Noronha e a Reserva Biológica do Atol das Rocas (Rebio Rocas), que foi um absurdo, sobrepondo a APA a uma UC muito mais restritiva. O Decreto nº 96.693, de 14 de setembro de 1988, que cria o Parque Nacional Marinho de Fernando de Noronha (Parnamar-FN), além de retirar a área do Parnamar-FN, também retira a área da Rebio Rocas dos limites da APA-FN.

A área da APA-FN atual abrange 79.706 ha, divididos em três polígonos distintos e separados, um no Arquipélago de Fernando de Noronha, outro no Atol das Rocas e outro no Arquipélago de São Pedro e São Paulo.

O SNUC define que os Parques Nacionais têm como objetivo básico a preservação de ecossistemas naturais de grande relevância ecológica e beleza cênica, possibilitando a realização de pesquisas científicas e o desenvolvimento de atividades de educação e interpretação ambiental, de recreação em contato com a natureza e de turismo ecológico, sendo que:

• o Parque Nacional é de posse e domínio públicos, sendo que as áreas particulares incluídas em seus limites serão desapropriadas, de acordo com o que dispõe a lei;

• a visitação pública está sujeita às normas e restrições estabelecidas no Plano de Manejo da unidade, às normas estabelecidas pelo órgão responsável por sua administração, e àquelas previstas em regulamento;

• a pesquisa científica depende de autorização prévia do órgão responsável pela administração da unidade e está sujeita às condições e restrições por este estabelecidas, bem como àquelas previstas em regulamento;

• as unidades dessa categoria, quando criadas pelo Estado ou Município, serão denominadas, respectivamente, Parque Estadual e Parque Natural Municipal.

Em 1986, como reação ao projeto de desenvolvimento do turismo do Estado Maior da Forças Armadas para Fernando de Noronha, Russell Coffin e José Truda criaram o Comitê Pró-Parque Nacional Marinho de Fernando de Noronha que, com o apoio da Coalisão Internacional da Vida Silvestre (IWC),  iniciou um movimento através de relatórios e pedidos de apoio a centenas de entidades, personalidades e políticos. Os argumentos ambientais utilizados para a criação de uma Parque Nacional em Fernando de Noronha foram sua situação geográfica, importância ecológica, grau de preservação e grande beleza cênica. Assim, entidades ambientalistas e a comunidade científica nacional e internacional se engajaram no processo, seguindo recomendação do documento Estratégia Mundial para Conservação (IUCN/PNUMA/WWF). Esse movimento encontrou importante apoio do Governador do Território Federal de Fernando de Noronha, o Jornalista Fernando César Mesquita, e do antigo IBDF, principalmente do Chefe do DN, Luciano Pizato, e dos coordenadores do Projeto Tamar, Oc. Guy Marcovaldi, e do Projeto Peixe-boi Marinho, Oc. Ricardo Soavinski. Sensibilizado, o então Presidente da República, José Sarney cria o Parque Nacional Marinho de Fernando de Noronha (Parnamar-FN).

O Decreto nº 96.693, de 14 de setembro de 1988, cria o Parnamar-FN com os seguintes objetivos: proteger amostra representativa dos ecossistemas marinhos e terrestres do Arquipélago; assegurar a preservação de sua fauna, flora e demais recursos naturais; proporcionar oportunidades controladas para a pesquisa científica, educação ambiental e visitação pública; contribuir para a proteção de sítios e estruturas de interesse histórico-cultural.

A área total do Parque é de 11.270 hectares, sendo 85% no mar. Os 15% terrestres correspondem a aproximadamente 64% das terras do Arquipélago, compreendendo todas as ilhas e 53% dos 17 km² da Ilha Fernando de Noronha.  Os restantes 45% de terras da ilha principal e o mar envolta do Parnamar-FN constituem a APA-FN.

A Fernando de Noronha que os golfinhos-rotadores, as aves, as tartarugas, os peixes e os organismos recifais encontraram já foi muito diferente da que a Secretaria do Meio Ambiente encontrou em 1986 ao criar a Área de Proteção Ambiental de Fernando de Noronha, Rocas, São Pedro e São Paulo, ou que o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Renováveis encontrou em 1989, quando foi criado o Parque Nacional Marinho de Fernando de Noronha, mais diferente ainda da Noronha que o ICMBio tem para gerir atualmente, por meio da APA-FN e do Parnamar-FN. Mesmo assim, o Arquipélago de Fernando de Noronha ainda é um dos mais conservados ecossistema marinho do mundo.